| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 901,191 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 901,191 | 0 | A | T | 99.7% | 898.5 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 901,192 | 0 | G | C | 100.0% | 900.2 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (173/198); total (173/198) | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,193 | 0 | T | A | 100.0% | 899.0 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (173/198); total (173/198) | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
AAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGAGTTTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTAGTAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCTGGTCTTTAATCCGGTCAGCCAGGTGAAATTTGTGCACACCGTAATGGCGGGCTACGTGACCGGGGCCATGTTTATTATGGCGATCAGCGCCTGGTATTTACTGCGCGGACGGGAGCGCAATGTCGCATTACGCAGCTTTGCCATCGGTTCCGTCTTCGGTACTCTGGCG > CP042583/900915‑901472 ||| aaaaCAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATctctct < 2:216958/288‑1 (MQ=255) aaCAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCg < 2:670028/289‑1 (MQ=255) gcgcTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCaa < 2:566487/288‑1 (MQ=255) cgcTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACg > 1:2489555/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |