| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 903,284 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 903,284 | 0 | A | T | 99.5% | 994.5 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,285 | 0 | G | C | 99.5% | 986.2 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (191/220); minor base A (1/1); total (193/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,286 | 0 | T | A | 100.0% | 986.7 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (193/221); total (193/221) | |||||||||||
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
TGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAAT‑CCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACGAAAACGAGTTGTACTAAGGAGCAGAAACAATGTGGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGACCC > CP042583/903005‑903564 ||| tgGGTCCGTATTGATGGCTTTTTACTGCTCGCCCAGGATTCTAACGGTCCTTCCAAT‑CCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTTGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGa < 2:574598/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |