Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 904,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 904,776 | 0 | A | T | 99.7% | 904.8 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 904,777 | 0 | G | C | 100.0% | 889.6 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (199/176); total (199/176) | |||||||||||
* | CP042583 | 904,778 | 0 | C | G | 99.7% | 893.2 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (198/175); minor base A (0/1); total (199/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTAGTGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTCCCGGTCAGCCGGATAACACGCCGCCAGGTGGTGAACTGGTGTTTGAACGCTGGCGTCGGCTAAGCGATAACAGCCAGTGGATTCAGGTTAGCCTGGTCTTCCAGACTTTACAGCAGATGCGTGATAAAACGCCGCTGAGTTTAAATACGCCGCCCGGAGAGGTGAAACTGACCCTGGCAGGATGTGAAGAGCGAAATGCGCAGGGCATGTGTAGCTTGGCAGGTTTTACGCAAATCGTGAATGAAGCACGCATACCGGCGTGCAGTTTGTAATGCATAAAAAAGAGCATTCAGTTACCTGAATGCTCTGAGGCTGATGACAAACGAAGAACTGTCTAATGCGTAGACCGGAAAAGGCGTTCACGCC > CP042583/904500‑905052 ||| gcacgcCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGCAAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTCCCGGTCAGCCGGATAACACGCCGCCAGGTGGTGAACTGGTGTTTGAACGCTGGCGTCGGCTAAGCGATAACAGCCAGTGGATTCAGGTTTCGCTGGTCTTCCa < 2:543118/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |