Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 906,389 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 906,389 | 0 | A | T | 99.8% | 963.6 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 906,390 | 0 | G | C | 99.8% | 962.3 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/212); minor base A (1/0); total (186/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 906,391 | 0 | T | A | 100.0% | 965.1 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (186/212); total (186/212) |
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
ATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTAGTCAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTGGAGCCTTTTTTATATCTGCCTTATTTTTCTTCAACGCTGTATGTATAGTAAGCGATAACCTGTTGATTATTGAATCTTTCGGGGAGATGGCTTATAACATTTCTTACCTGACCAGGGTACCGGGAACCAACACCTTACTGGCGTGTTGCTGTCTTTTAAGACCAGAAGAGGTTAACAGTGAATATTGAAGAGTTAAAAAAACAAGCCGAAACGGAAATCGCCGACTTTATCGCGCAAAAAATCGCCGAGCTGAACAAGAATAC > CP042583/906110‑906679 ||| cACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCa > 2:1889373/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |