| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 909,371 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 909,371 | 0 | G | C | 99.4% | 804.8 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (180/157); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 909,372 | 0 | C | G | 98.8% | 796.6 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base G (181/158); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 909,373 | 0 | T | A | 99.4% | 803.0 / ‑4.9 | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (181/158); minor base G (1/1); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACAC > CP042583/909095‑909642 ||| tttCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTGCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctgg < 2:88220/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |