Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 910,968 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 910,968 | 0 | A | T | 100.0% | 820.0 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 910,969 | 0 | G | C | 99.7% | 815.4 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (168/171); minor base A (1/0); total (169/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 910,970 | 0 | C | G | 100.0% | 821.9 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (169/171); total (169/171) |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCAGTTTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCT > CP042583/910690‑911241 ||| aaTTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCa > 2:1026889/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |