Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 912,684 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 912,684 | 0 | A | T | 99.3% | 1059.4 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 912,685 | 0 | G | C | 99.8% | 1054.6 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (221/221); total (221/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 912,686 | 0 | C | G | 100.0% | 1061.4 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (221/222); total (221/222) |
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
CGCTCGCCGTAACGGAAACGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGAGCGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTGCGCTGATTGTATTGCCACACGTTGGGATCAAAGTCACCAGCACAACCGAATTTTGTGTCAGTTGCCACAGTATGCAACCGGTGTATGAAGAATATAAACAGAGCGTGCATTTCCAGAACGCCTCCGGCGTGCGAGCTGAATGCCATGACTGTCATATCCCGCCGGATATTCCAGGCATGGTGAAGCGCAAACTGGAAGCGAGCAATGATATCTACCAGACCTTTATTGCTCACTCC > CP042583/912407‑912962 ||| cTCGCCGTAACGGAAACGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGgc > 1:1337863/1‑286 (MQ=255) aaCGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGa < 1:1043304/289‑1 (MQ=255) aaCGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGa < 1:1650563/289‑1 (MQ=255) aCGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGAt > 1:28772/1‑289 (MQ=255) 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aGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTgc > 2:270579/1‑287 (MQ=255) aGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTgc > 1:1917163/1‑287 (MQ=255) tAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTGCGCTGATTGt > 1:2506141/1‑289 (MQ=255) gTAATCGGACCTGGGTAACCGGCTCATATTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTGCGCTGATTGTATTGCca < 2:1807978/289‑1 (MQ=255) tAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGa < 2:2032352/256‑1 (MQ=255) gcgcCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTGCGCTGATTGTATTGCCACACGtt > 2:59770/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |