Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 918,995 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 918,995 | 0 | A | T | 100.0% | 387.6 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (87/74); total (87/74) | |||||||||||
* | CP042583 | 918,996 | 0 | G | C | 100.0% | 382.7 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (87/74); total (87/74) | |||||||||||
* | CP042583 | 918,997 | 0 | T | A | 100.0% | 387.6 / NA | 161 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (87/74); total (87/74) |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TTGAAAACACACTGGTGTGTTTTATGCGGTTATACAATGAACTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAAAGTCTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTAAGTTTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATAGTGGGGTTAGTGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTAGTGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGTTAAGA > CP042583/918732‑919264 ||| aaCACACTGGTGTGTTTTATGCGGTTATACAATGAGCTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGttatt < 2:644314/289‑1 (MQ=255) ttATACAATGAACTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGttatta < 2:1275617/266‑1 (MQ=255) aaCTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACAt > 2:1573181/1‑289 (MQ=255) aaCTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACAt > 2:2537503/1‑289 (MQ=255) ggATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGa < 1:12733/249‑1 (MQ=255) ggATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGtttttt < 1:102706/287‑1 (MQ=255) ggATACTCCATGTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGtttttt < 1:2439140/287‑1 (MQ=255) gTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGATATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGttt > 1:327676/1‑289 (MQ=255) gTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa < 1:1059474/247‑1 (MQ=255) gTCTGGAATGTGAATCACTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa > 2:1059474/1‑247 (MQ=255) acTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTATCATTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAAtata < 1:2537503/288‑1 (MQ=255) atcattatttatGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa < 1:271272/185‑1 (MQ=255) atcattatttatGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa > 2:271272/5‑189 (MQ=255) aaTATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATcaca > 2:926237/1‑130 (MQ=255) cGTACTAATGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGtttttt > 2:2610807/1‑196 (MQ=255) aTGATACACAAATTTATTCAGGGGTTTCAGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGtat < 1:98144/289‑1 (MQ=255) tATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTa < 1:335483/162‑1 (MQ=255) tATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTa > 2:335483/1‑162 (MQ=255) aTTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAgg > 2:2436480/1‑92 (MQ=255) ttACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTa > 1:148527/1‑87 (MQ=255) actatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTtattat < 2:3053626/90‑1 (MQ=255) actatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTtattat > 1:3053626/1‑90 (MQ=255) actatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAatat < 2:2409382/211‑1 (MQ=255) actatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAatat > 1:2409382/1‑211 (MQ=255) tatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACa < 2:2700908/227‑1 (MQ=255) tatacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAatat > 1:1596474/1‑289 (MQ=255) atacAATATGTTCGAGATATTGATATTGATAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATAGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGtgatga < 2:3308570/134‑1 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATcaca > 2:11235/1‑68 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGa < 2:1426858/217‑1 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGt < 2:1029770/234‑1 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGtat < 2:1537999/241‑1 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGtat > 1:1537999/1‑241 (MQ=255) tacAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAatat > 1:3361/1‑287 (MQ=255) aaTATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAata > 1:2440253/1‑283 (MQ=255) aaTATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAata < 2:2440253/283‑1 (MQ=255) tatGTTCGTGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATcac < 1:250292/62‑1 (MQ=255) tatGTTCGTGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATcac > 2:250292/1‑62 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATcaca < 1:974759/63‑1 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTa > 1:1004493/1‑70 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGtata < 2:1254456/88‑1 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGtata > 1:1254456/1‑88 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACttt < 2:1708835/93‑1 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa < 2:2910638/107‑1 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa > 1:2910638/1‑107 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTTAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATgac > 2:3172813/1‑283 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCAtt > 2:1158562/1‑269 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCAtt < 1:1158562/269‑1 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCAtt > 1:1389198/1‑269 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCt > 2:1024281/1‑285 (MQ=255) tatGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCt > 1:1833647/1‑285 (MQ=255) gTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTtattat > 1:98865/1‑78 (MQ=255) gTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTtattat > 1:1728075/1‑78 (MQ=255) gTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTtattat < 2:1728075/78‑1 (MQ=255) tCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGAt > 1:2006449/1‑289 (MQ=255) tCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGAt > 1:1078454/1‑289 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGttatt < 1:2067884/71‑1 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGta < 1:1679345/78‑1 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGta < 2:956969/78‑1 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa > 2:2326705/1‑99 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGa < 1:2326705/99‑1 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTa > 2:1337076/1‑107 (MQ=255) agaTATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTa < 1:1337076/107‑1 (MQ=255) atattgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATGTGGATTCTGACATTGATTTGGCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCTGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGcat > 2:2938075/1‑287 (MQ=255) attgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACa > 1:218604/1‑208 (MQ=255) attgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACa < 2:218604/208‑1 (MQ=255) attgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATg > 1:414211/1‑289 (MQ=255) attgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATg > 2:357026/1‑289 (MQ=255) ttgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATg < 1:267306/270‑1 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGTAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTtgatgat > 2:2045517/1‑142 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGTAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTtgatgat < 1:2045517/142‑1 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCagag > 2:2333168/1‑166 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCagag < 1:2333168/166‑1 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACa > 1:3029902/1‑206 (MQ=255) tgatattgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACa < 2:3029902/206‑1 (MQ=255) tgTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAAt > 2:2056224/1‑97 (MQ=255) gTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGt > 2:1352838/1‑208 (MQ=255) gTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGa > 2:3235718/1‑272 (MQ=255) ttAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTg > 1:2273464/1‑286 (MQ=255) tAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGa < 2:3076571/250‑1 (MQ=255) tAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGa > 1:3076571/1‑250 (MQ=255) agTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCt > 2:1890638/1‑112 (MQ=255) agTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCt < 1:1890638/112‑1 (MQ=255) agTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGtt < 2:1596474/288‑1 (MQ=255) agTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGt > 2:2320500/1‑287 (MQ=255) gtgtCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGtt < 1:2320500/287‑1 (MQ=255) gtgtCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGtt < 2:1833647/287‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGaa > 1:1989083/1‑78 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGaa < 2:1989083/78‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCt > 1:1276444/1‑108 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCt < 2:1276444/108‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGcc > 2:963375/1‑164 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGcc < 1:963375/164‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGAtt > 1:2754813/1‑184 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAata < 1:95274/251‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGa < 2:978512/263‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGTTAaga > 1:2706418/1‑288 (MQ=255) cTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGaaa > 2:484886/1‑224 (MQ=255) cTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGaaa < 1:484886/224‑1 (MQ=255) cTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTACATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAAtata < 1:2145524/133‑1 (MQ=255) cTTGCCGGGCAGAGCTTCAGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTACATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAAtata > 2:2145524/1‑133 (MQ=255) ||| TTGAAAACACACTGGTGTGTTTTATGCGGTTATACAATGAACTCAGACGTAAAGTAAATGAAGAGGATACTCCATGTCTGGAATGTGAAAGTCTAGAAAAAGAATTTGAGGAAATGCAGAATGATAATGATCTAAGTTTATTTATGAGAATATTGCGTACTAATGATACACAAATTTATAGTGGGGTTAGTGGAGGTATTACATATACTATACAATATGTTCGAGATATTGATATTGTTAGAGTGTCCTTGCCGGGCAGAGCTAGTGAGTCTATCACAGATTTTAAAGGTTATTATTGGTATAACTTTATGGAGTATATTGAAAACATTAATGCGTGTGATGATGTTTTTTCTGAGTATTGTTTTGATGATGAAAATATAAGTGTCCAGCCAGAGCGGATAAATACGCCGGGAATATCTGATTTGGATTCTGACATTGATTTGTCTGGTATATCTTTTATTCAGCGTGAAACTAACCAGGCATTAGGATTAAAATATGCTCCTGTAGATGGCGATGGATATTGTCTGTTAAGA > CP042583/918732‑919264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |