| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 919,667 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 919,667 | 0 | A | T | 99.7% | 694.4 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 919,668 | 0 | G | C | 99.3% | 684.5 / ‑2.5 | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/153); minor base A (1/1); total (133/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 919,669 | 0 | T | A | 100.0% | 656.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/146); total (126/146) | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGAGTTGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGAGCGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTAGTGATAGCATTTGCAGTTTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCAAGTATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTAGTACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATATGCTAAAAACCATTGTTATTAGTCTCACACTTTTTTATTGGTAAATATTGTCT > CP042583/919387‑919942 ||| tACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGTCGGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCattattt < 1:3129581/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |