Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 481,034 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 481,034 | 0 | A | T | 99.3% | 686.7 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 481,035 | 0 | G | C | 100.0% | 701.0 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 481,036 | 0 | C | G | 99.3% | 689.6 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (155/135); minor base T (2/0); total (157/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTC‑CGTCGG‑GTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGG‑CCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTG‑GCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACC > CP042583/480759‑481321 ||| tGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTC‑CGTCGG‑GTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGGGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCGTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCCGATGTATTTACGGCACGCCATAGAGG‑CCGTTACGTCGGTGAATAATcc > 1:880077/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |