Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 940,602 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 940,602 | 0 | A | T | 99.7% | 886.4 / NA | 370 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/209); minor base C (1/0); total (160/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 940,603 | 0 | G | C | 99.5% | 890.7 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (161/215); minor base T (2/0); total (164/215) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 940,604 | 0 | C | G | 99.7% | 906.6 / ‑3.9 | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (163/215); minor base . (1/0); total (164/215) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
GAAATAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTAGCGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACG‑AAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTG > CP042583/940323‑940882 ||| aaaTAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTg < 2:815687/289‑1 (MQ=255) tAGGGAAGGTGAAAATTGGGCAG‑GCGCCGTAAAGGGGGGGACGTAGCTTTGAAAAGGCAGTGGTCATTCTTGACGAGGCGAAGAATGGGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTGCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCa < 2:2028930/289‑1 (MQ=255) aGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTa < 1:610815/288‑1 (MQ=255) ggTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTAc > 1:1369112/1‑288 (MQ=255) ggTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTAc > 1:2218090/1‑288 (MQ=255) ggTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTAc > 1:2082707/1‑288 (MQ=255) ggTGGAAATTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATAAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCGAACGTAc > 2:1149239/1‑288 (MQ=255) aaaTTGCGCCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGc < 1:585649/288‑1 (MQ=255) atGCGCCGTTGGCC‑GTTATCCGGTGCCGTCCCCTTGAAAAGGCAGTCGTCATTCTTGCCGGGGCGGAGAATGGGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTGAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGc < 2:1666544/288‑1 (MQ=255) cgcCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGcc < 2:630956/270‑1 (MQ=255) cgcCGTTCGCC‑TATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGcc > 2:1421762/1‑287 (MQ=255) cGTTCGCC‑TATAGGCGTGGCCGTACCTTTGCAAATGCGGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACa < 2:2852246/288‑1 (MQ=255) tatGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTTGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAgtgtgg > 1:2455045/1‑288 (MQ=255) tGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGt > 1:898468/1‑278 (MQ=255) gCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTGAGTGTGTTAt < 2:1465635/289‑1 (MQ=255) cggggACGTACCTTTGAAAAGGAAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGAAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTAt < 2:2082707/285‑1 (MQ=255) gTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATc < 2:100419/288‑1 (MQ=255) gTGCACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGAAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATc < 1:2628993/288‑1 (MQ=255) ggACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGT‑ACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACg < 2:2199929/258‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |