| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 943,044 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 943,044 | 0 | A | T | 99.6% | 601.3 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 943,045 | 0 | G | C | 99.6% | 593.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/115); minor base A (1/0); total (135/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 943,046 | 0 | C | G | 99.6% | 592.1 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (134/114); total (135/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GAGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCAGCGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTTAAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTAGCCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGCC > CP042583/942769‑943324 ||| aGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCTCGGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTTAAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGACTCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTACCg > 1:2298729/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |