| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 949,266 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 949,266 | 0 | A | T | 99.3% | 713.2 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/139); minor base G (0/2); total (159/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 949,267 | 0 | G | C | 99.7% | 716.1 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (159/140); minor base A (0/1); total (159/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 949,268 | 0 | T | A | 100.0% | 720.7 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (159/141); total (159/141) | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AAAGCGTTAATGAGCGGCAATGTCAAAAACGCGCAAATAGCCAGTGTAAAAGTGCAGTATCTTGATAAACAGAAAAAGCTGGCTGTAATGAACATCGAATATAACTAAGTTTCTGAACAACTCACGTTGCTGAGCAGAAAAATGCGATTTAACCAAAAAGCCTGCTGTACACTTAAGAAACAAGAAGGTGTAAGGAGGCGTTATGAAAACGCGTATTCATGTTGTGCAGGGTGATATTACCAAACTGGCCGTTGATGTGATTGTGAATGCGGCTAATCCGAGTTTAATGGGAGGCGGCGGCGTCGATGGGGCCATTCATCGCGCAGCGGGTCCGGCCCTGCTGGATGCTTGTTTAAAAGTCAGGCAACAGCAGGGCGATTGCCCTACGGGGCATGCCGTTATTACGCTTGCAGGCGATCTTCCCGCTAAAGCCGTAGTGCACACCGTCGGGCCAGTCTGGCGTGGTGGTGAACAAAACGAAGACCAGCTTTTGCAGGATGCCTATCTCAATAGCCTACGACTGGTGGCGGCAAACAGCTATACGAGTGTGGCTTTTCCTGCAATCAGTAC > CP042583/948986‑949555 ||| aaaGCGTTAATGAGCGGCAATGTCAAAAACGCGCAAATAGCCTCAGTAAAAGTGCAGTATCTTGATAAACAGAAAAAGCTGGCTGTAATGAACATCGAATATAACTAAGTTTCTGAACAACTCACGTTGCTGAGCAGAAAAATGCGATTTAACCAAAAAGCCTGCTGTACACTTAAGAAACAAGAAGGTGTAAGGAGGCGTTATGAAAACGCGTATTCATGTTGTGCAGGGTGATATTACCAAACTGGCCGTTGATGTGATTGTGAATGCGGCTAATCCGTCATTAATg < 2:3194215/289‑1 (MQ=255) ttAATGAGCGGCAATGTCAAAAACGCGCAAATAGCCTCAGTAAAAGTGCAGTATCTTGATAAACAGAAAAAGCTGGCTGTAATGAACATCGAATATAACTAAGTTTCTGAACAACTCACGTTGCTGAGCAGAAAAATGCGATTTAACCAAAAAGCCTGCTGTACACTTAAGAAACAAGAAGGTGTAAGGAGGCGTTATGAAAACGCGTATTCATGTTGTGCAGGGTGATATTACCAAACTGGCCGTTGATGTGATTGTGAATGCGGCTAATCCGTCATTAATGGGAggc > 1:2769114/1‑289 (MQ=255) ttAATGAGCGGCAATGTCAAAAACGCGCAAATAGCCTCAGTAAAAGTGCAGTATCTTGATAAACAGAAAAAGCTGGCTGTAATGAACATCGAATATAACTAAGTTTCTGAACAACTCACGTTGCTGAGCAGAAAAATGCGATTTAACCAAAAAGCCTGCTGTACACTTAAGAAACAAGAAGGTGTAAGGAGGCGTTATGAAAACGCGTATTCATGTTGTGCAGGGTGATATTACCAAACTGGCCGTTGATGTGATTGTGAATGCGGCTAATCCGTCATTAATGGGAggc > 1:2862077/1‑289 (MQ=255) cGGCAATGTCAAAAACGCGCAAATAGCCTCAGTAAAAGTGCAGTATCTTGATAAACAGAAAAAGCTGGCTGTAATGAACATCGAATATAACTAAGTTTCTGAACAACTCACGTTGCTGAGCAGAAAAATGCGATTTAACCAAAAAGCCTGCTGTACACTTAAGAAACAAGAAGGTGTAAGGAGGCGTTATGAAAACGCGTATTCATGTTGTGCAGGGTGATATTACCAAACTGGCCGTTGATGTGATTGTGAATGCGGCTAATCCGTCATTAATGGGAGgcggcggcg > 2:2256702/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |