Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 950,893 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 950,893 | 0 | A | T | 100.0% | 932.3 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (175/210); total (175/210) | |||||||||||
* | CP042583 | 950,894 | 0 | G | C | 99.7% | 927.9 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (175/209); minor base A (0/1); total (175/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 950,895 | 0 | T | A | 99.7% | 927.8 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (174/210); total (175/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
GCAACTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTAGTACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGAGCATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGT > CP042583/950613‑951174 ||| aaCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 2:2940645/289‑1 (MQ=255) aaCTCTTACGGAGGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 1:2941165/289‑1 (MQ=255) aCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGCGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTc > 2:3180505/1‑289 (MQ=255) ttACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATa < 1:988786/289‑1 (MQ=255) ttACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATa < 1:2371727/289‑1 (MQ=255) ggTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATg > 2:736109/1‑289 (MQ=255) tGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATggg > 1:249154/1‑289 (MQ=255) gagaAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATggg < 2:3105168/288‑1 (MQ=255) gagaAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATggg < 1:1834117/288‑1 (MQ=255) gagaAAAGAGGTAACGATTGCGAGCCTAACCCACGCTCTTGTCGCTAACGATGTTGCTGTCATCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAAGTGCTCCGCTATGGCGGGGAATTCTATGAACTCAAACCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTGACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAAGACTGAAATggg < 2:1104421/288‑1 (MQ=255) gaAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCt < 2:1427016/288‑1 (MQ=255) gTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATa < 1:1914143/288‑1 (MQ=255) ttGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGa < 1:281221/289‑1 (MQ=255) ttGCGATACTAACCAATTCTCTTGCCGCGAACGAGGTTGCTGTCGTCCAAGCCGGATACGCGCGCTGGCGAAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTAAAGCCGACGCGTGAACAAAGCAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATGGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGa < 2:3001508/289‑1 (MQ=255) gCGATCCTACACAATTCTCTTGCGGCTAACGATGTTGATGTCGGCCAGGACGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAAGTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGa < 2:3055187/287‑1 (MQ=255) aCCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 1:1689063/245‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTa > 2:262923/1‑289 (MQ=255) ttCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTa > 2:1163693/1‑289 (MQ=255) tctcTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTaa < 1:2665275/289‑1 (MQ=255) ctctTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAAt > 1:2879348/1‑289 (MQ=255) cGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATaa < 1:262923/288‑1 (MQ=255) aaCGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCt > 2:1482710/1‑289 (MQ=255) gTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTc < 1:2957821/289‑1 (MQ=255) gTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTc < 2:1852027/289‑1 (MQ=255) tGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGca > 1:2572856/1‑250 (MQ=255) tGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTatgat < 1:3071833/289‑1 (MQ=255) ccGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTatgatg < 2:2955574/288‑1 (MQ=255) aTACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAATCCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCgg > 1:1841659/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |