| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 952,139 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 952,140 | 0 | C | G | 100.0% | 765.5 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (165/154); total (165/154) | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,141 | 0 | T | A | 99.7% | 765.2 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (165/153); minor base G (0/1); total (165/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAA‑GGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTT > CP042583/951861‑952420 ||| aGTAAAAACCACAGGTGTGATATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAA‑GGGTCa > 1:153456/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |