| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,036,025 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,036,025 | 0 | A | T | 100.0% | 597.6 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,036,026 | 0 | C | G | 99.6% | 592.7 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (113/132); minor base T (0/1); total (113/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,036,027 | 0 | T | A | 100.0% | 596.4 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/133); total (113/133) | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGTTTCCCGGAAGCGTTGTTGAAACTTTGACTGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGACTATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGCCAGGGGATGACCTGATCGAGATATTTATTATAAAGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAAT > CP042583/1035747‑1036297 ||| ggAAGCGTTGTTGAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAg < 1:2941494/289‑1 (MQ=255) ggAAGCGTTGTTGAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAg < 2:1608282/289‑1 (MQ=255) tgttgAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTaa < 1:682323/289‑1 (MQ=255) tgttgAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTaa > 1:2453218/1‑289 (MQ=255) 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ttcaGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGCCAGGGGATGACCTGAt < 1:831895/289‑1 (MQ=255) ttCGTGATGCGGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGCCAGGGGATGACCTGATCGAGat < 2:2762084/289‑1 (MQ=255) cGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACC‑‑ATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTaa < 1:255927/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |