Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,037,071 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,037,071 | 0 | A | T | 99.7% | 911.2 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,037,072 | 0 | G | C | 99.7% | 904.1 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (191/187); total (193/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,037,073 | 0 | C | G | 99.7% | 902.2 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (192/186); minor base A (1/0); total (193/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
ATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACAGCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTAAGCAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTTAGCAGCAATTATGAGCTTTACGCAGACATGAGCAATCGGGTGATGAGCACGCTGGAAGAGCTAAGCCCCCGCGTCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCGC > CP042583/1036793‑1037352 ||| agccaTGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCGATGGAATAATGACGGTGGCGt > 2:2910543/1‑289 (MQ=255) atatTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGa > 1:876607/1‑289 (MQ=255) tatTGTCACCCATGCTGTTGTCGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCACGACGGTACTGCTTATTCCTATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGaa < 1:1346527/289‑1 (MQ=255) gtCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGa > 1:574107/2‑289 (MQ=255) aTCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGa > 1:945814/1‑289 (MQ=255) ggCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTg > 1:3169750/1‑288 (MQ=255) cGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCg > 2:404136/1‑289 (MQ=255) cGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCg > 2:1786049/1‑289 (MQ=255) aaaaaaTTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGGAAAGGCGCTTGGCGGTAAAATGGGCGa > 1:2990928/1‑289 (MQ=255) aaaaaaTTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCt < 1:2253171/271‑1 (MQ=255) aaaaaaTTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGa > 2:2441178/1‑289 (MQ=255) aaCTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGGACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGCAGATACGCTGGATGTCTGTGGTGTGATGAACCACGGCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATCTAAACGCGTTTTATGCGAGC‑TGTGCGACGGTGTTGCGCCCTGATTTATGGGGTTAACCGCGAGGTGGT‑CTAACAGGTACTGACGATTGCGGTATCGTCCGAACAGCGGGGGCGACGGCGAGTGGCGTGAAAATAGTCGaggcatgggcg > 2:2716064/1‑279 (MQ=255) tACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGa > 2:2525399/1‑285 (MQ=255) ttATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGttt < 1:391134/286‑1 (MQ=255) aTTCCTATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTgtcgtc > 2:656625/1‑288 (MQ=255) tCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTtcgtc > 1:700137/1‑286 (MQ=255) 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gcgtactcgcccATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTgg < 1:3144633/276‑1 (MQ=255) tacttgccaaTTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGGCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGAT‑CCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCttt < 2:2535572/280‑1 (MQ=255) tACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACCAAAAGATCTGGTTCGTTGACGTGGCGTGGTTTGCTTTAGCAGCAAtt > 2:2132048/1‑289 (MQ=255) tagtGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTtcgtcg < 2:2279271/251‑1 (MQ=255) tagtGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTtcgtcg > 1:2279271/1‑251 (MQ=255) aaGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGC‑TGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCG‑GTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTTag > 2:928155/1‑267 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |