| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,041,039 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,041,039 | 0 | A | T | 99.7% | 684.0 / ‑4.9 | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/142); minor base C (1/0); total (144/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,041,040 | 0 | G | C | 99.7% | 678.2 / ‑4.6 | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/140); minor base T (0/1); total (144/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,041,041 | 0 | C | G | 100.0% | 687.5 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (144/141); total (144/141) | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACA‑ACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAACT > CP042583/1040760‑1041319 ||| tttCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTAcc < 2:2151948/289‑1 (MQ=255) 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aTTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACA‑ACATATTCCGTGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGaa > 2:799702/1‑208 (MQ=255) ||| GGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACA‑ACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAACT > CP042583/1040760‑1041319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |