| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,596 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,596 | 0 | A | T | 99.4% | 789.4 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (168/166); minor base G (0/2); total (169/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,597 | 0 | G | C | 99.4% | 791.9 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (169/165); total (169/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,598 | 0 | C | G | 99.7% | 804.3 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (169/167); total (169/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCC > CP042583/441316‑441873 ||| ccTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCg < 1:1983662/289‑1 (MQ=255) cTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGAt < 2:1650002/289‑1 (MQ=255) cTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGATGGCGGTGAt < 1:103226/289‑1 (MQ=255) aCCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGcc < 2:1379626/289‑1 (MQ=255) aCCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTGGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCCCGGTGCCGGCGATGTGc > 2:688102/1‑288 (MQ=255) ggTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGAt < 1:1647348/278‑1 (MQ=255) atcgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCgat < 1:2721747/284‑1 (MQ=255) atcgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCga < 1:1295042/283‑1 (MQ=255) cgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTCACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGTCGGGTATGTGCCTGGTACTGGCggtgct > 2:2992899/3‑287 (MQ=255) aTCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCg > 2:2414092/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |