| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,042,878 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,042,878 | 0 | A | T | 99.7% | 853.6 / ‑5.4 | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (173/178); minor base C (0/1); total (173/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,042,879 | 0 | C | G | 100.0% | 844.8 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (173/179); total (173/179) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,042,880 | 0 | T | A | 99.7% | 843.0 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (173/177); total (173/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
GCTACTGGCGTCGGTCCAGCTACGGAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAAACTCCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCACTGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCAAACGTGTGGTGTCCTTATTCATAGAATCGATCGTCGCCATACGCGCACCTCATTGTTGTCGGCGCTCTCTGTGTGGAGCACCTCATTTCAAGCATAGAACACCTGTTAAAAACCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAG > CP042583/1042602‑1043155 ||| cgaaCTGGCGTCGGTCCAGCTACGGAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACt < 1:1833162/286‑1 (MQ=255) cAGCTACGGAATAAGTAATTGTTCTTGAAGAAAGAGGTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGggt < 2:2087596/289‑1 (MQ=255) ggAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTAt > 1:2521066/1‑288 (MQ=255) tGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTagag > 1:2108134/1‑289 (MQ=255) 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aGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCaa > 1:675561/1‑276 (MQ=255) aGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCAAACGTGTGgtgt > 1:1977718/1‑287 (MQ=255) cacGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCAAACGTGTGGTGTCCTTATTCa < 1:873265/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |