Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,763 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 484,763 | 0 | G | C | 99.8% | 1092.2 / NA | 459 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (246/211); total (246/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,764 | 0 | C | G | 99.8% | 1091.0 / NA | 459 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (245/213); minor base A (1/0); total (246/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,765 | 0 | T | A | 99.6% | 1089.1 / NA | 459 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (246/210); minor base G (0/2); total (246/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 459 total aligned reads displayed.
TCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCAT‑CAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCC > CP042583/484489‑485042 ||| agcagcCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggtcggt > 2:1051266/1‑289 (MQ=255) agcagcCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggtcggt < 1:676679/289‑1 (MQ=255) agcagcCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggtcggt > 1:2624471/1‑289 (MQ=255) gcccgcGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTc < 2:1293876/289‑1 (MQ=255) 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ccTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTc < 1:545949/269‑1 (MQ=255) ccTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTc > 2:545949/1‑269 (MQ=255) ccTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCAT‑CAATAGCGCCaac > 1:2221205/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |