| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,049,197 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,049,197 | 0 | A | T | 99.7% | 834.6 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (190/159); total (191/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,049,198 | 0 | G | C | 99.1% | 834.0 / ‑4.9 | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (189/158); minor base A (2/1); total (191/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,049,199 | 0 | C | G | 100.0% | 833.7 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (191/159); total (191/159) | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAAAGCGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAAAGCAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTAGTACCTCCGGACGTGATGTTTATCGCCGTATGGGCTGGAGTGGTGAGCCGACGACCAGCGAGCTGAAAAATCCAGAGCGTAATATTAGTATGGGGGCGGCTTACCTGAATATTCTGGAAACCGGCCCGCTGGCAGGCATTGAAGATCCGAAGGTACTGCAATATGCGCTGGTGGTGAGTTACGCTAACGGGGCAGGTGCGCTGCTACGGACTTTCAGCAGTGATCGGAAAAAGGCGATCAGCAAAATC > CP042583/1048916‑1049478 ||| cGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCa < 2:626445/289‑1 (MQ=255) cGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCa > 1:2053641/1‑289 (MQ=255) tgCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCAt > 1:3277224/1‑280 (MQ=255) tgCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGGCGATCCACAATTGAGCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGGGGTAATCCGAACGCGGTGACTAACTCGAATGCCATTGGTTTGAt > 2:954699/1‑289 (MQ=255) gCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATg < 1:107174/289‑1 (MQ=255) gTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCAAGGCGATTACCGCCAGCGAATGGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGGGTAAATCGAAGTCCATTGGTTTGCTGACGTTa > 2:82008/1‑289 (MQ=255) aCCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATACAGTTaaaa > 1:1128351/1‑289 (MQ=255) cGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCttca > 2:2876161/1‑285 (MQ=255) gggttCGAGGTTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGATTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTTGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCttcaacc < 2:1913435/285‑7 (MQ=255) taAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGGTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTgcgtt > 2:3095788/1‑285 (MQ=255) ggtgagaagaAGTGAAATTGAGATGTTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGttt < 1:2985486/284‑1 (MQ=255) tAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGTTTATCg < 1:3050849/289‑1 (MQ=255) agaagaAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGTTTATCg > 1:980268/1‑288 (MQ=255) 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tcatcgaagccggACTCTGCGAACCAGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGGGCAACGTGCGATGCAGTGGAGGCCAATGAGCCAGAAAGCCGGTGCAGGCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGTTTATCGCCGTATGGGCTGGAGTGGTGAGCCGACGACCGGCGAGCTGAAAAATCCAGAGCGt < 2:2275220/276‑1 (MQ=255) cATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGTTTATCGCCGTATGGGCTGGAGTGGTGAGCCGACGACCAGCGAGCTGAAAAATCCa < 1:2437704/273‑1 (MQ=255) gACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGGGGCGTCGATCCACAATTGATCACGGCGATTATCGCTATCGAATCGGGTGGTAATCCGAACGCGGTGAGTAAATCGAATGCCATTGGTTTGATGCAGTTAAAAGCTTCAACCTCCGGACGTGATGTTTATCGCCGTATGGGCTGGAGTGGTGAGCCGACGACCAGCGAGCTGAAAAATCCAGAGCGTAATAtttcaatgg > 2:1586374/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |