| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 485,051 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 485,051 | 0 | G | C | 99.5% | 1031.2 / NA | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (201/230); total (201/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,052 | 0 | C | G | 99.5% | 1026.2 / ‑5.9 | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (201/230); minor base A (0/2); total (201/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,053 | 0 | T | A | 99.8% | 1029.3 / NA | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (201/231); minor base G (0/1); total (201/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 433 total aligned reads displayed.
TCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGC > CP042583/484773‑485329 ||| tCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACggg < 1:2676920/289‑1 (MQ=255) ataCGGGCTACGGTAGGTGGTACTGACGCTCACAATCGCGCCACCGGTAGTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTa < 2:2107617/288‑1 (MQ=255) ggtggtACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCtg > 1:1162906/1‑289 (MQ=255) ggtggtACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCtg > 1:1949370/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |