| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,455,111 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,455,111 | 0 | A | T | 98.9% | 869.0 / 1.6 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (168/192); minor base . (1/3); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,112 | 0 | G | C | 98.6% | 849.8 / ‑1.3 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (168/191); minor base T (1/4); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,113 | 0 | T | A | 98.6% | 861.6 / ‑2.9 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); major base A (168/189); minor base C (1/4); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,114 | 0 | A | T | 98.9% | 855.6 / ‑6.0 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base T (168/192); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,115 | 0 | G | C | 99.2% | 851.4 / ‑3.3 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base C (168/191); minor base T (1/2); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,116 | 0 | C | G | 98.6% | 856.9 / ‑6.4 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base G (168/191); total (169/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
ATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGC‑GCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGTTAGTAGCGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGA > CP042583/1454841‑1455389 |||||| aTGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCG‑GCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAGAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGTTTCATCGGTACTGTTCGgtg > 1:1539259/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |