Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,456,145 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,456,145 | 0 | A | T | 99.5% | 1006.9 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,456,146 | 0 | G | C | 99.8% | 1000.6 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (226/194); minor base T (0/1); total (226/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,456,147 | 0 | T | A | 99.8% | 1023.8 / NA | 422 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (225/196); minor base C (1/0); total (226/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 422 total aligned reads displayed.
GATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGC‑ATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAAAGTTTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGT > CP042583/1455872‑1456425 ||| tAACGATAGCTTTCTTGGGGAAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGGGTATCG‑ATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGgcgcg < 2:3036998/289‑1 (MQ=255) 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aTTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGGGCGGAACTGGTGTATCG‑ATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGa > 1:862460/1‑281 (MQ=255) cTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCG‑ATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTa > 1:504670/1‑289 (MQ=255) cgcgGAACTGGTGTATCG‑ATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGgcgcg > 1:2138981/1‑240 (MQ=255) 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atatGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTaa < 1:1312056/288‑1 (MQ=255) tGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGAAGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGaa < 1:1860571/289‑1 (MQ=255) atgaATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATGCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGAGCTGTGAGGGGCCGGTGGTGGTTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTaaaa > 1:2473284/1‑212 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |