| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,459,537 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,459,537 | 0 | A | T | 100.0% | 788.0 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (162/167); total (162/167) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,459,538 | 0 | G | C | 99.7% | 787.0 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/166); minor base A (0/1); total (162/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,459,539 | 0 | T | A | 100.0% | 794.5 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (162/167); total (162/167) | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATA‑TGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGACAT > CP042583/1459258‑1459814 ||| ttacccggTGAGTTTATGCGGGGCGTGGCGGATAACGGTTATTCCAGGTTGGGCGGGCCGGAAGAATTTGGTTGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAAGGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCT‑‑GTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaac < 2:2963705/282‑1 (MQ=255) 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tGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGaaa < 1:1626060/289‑1 (MQ=255) tGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGaaa > 2:2470592/1‑289 (MQ=255) gCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaa < 1:879473/209‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |