| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,463,349 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,463,349 | 0 | A | T | 99.7% | 859.3 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (181/178); total (183/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,463,350 | 0 | G | C | 99.7% | 856.3 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (182/178); minor base A (1/0); total (183/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,463,351 | 0 | C | G | 100.0% | 863.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (183/178); total (183/178) | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
ATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTAT‑GCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCC > CP042583/1463076‑1463629 ||| tatCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGa < 1:2030733/289‑1 (MQ=255) ttgtgggtgccGGGGTGTTGCTGAAATCCCGCTC‑CCACCTGCGGCGGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGGAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATg < 2:3095270/280‑1 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 2:1234136/1‑289 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 2:1221193/1‑289 (MQ=255) tctcCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATtg > 1:1129284/1‑289 (MQ=255) tcCGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTCCCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATtgtg < 2:1554697/289‑1 (MQ=255) cGGCGTGTTGCTGAAAT‑CCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:1234136/289‑1 (MQ=255) 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cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGc > 1:1942697/1‑287 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCAc < 1:1221193/289‑1 (MQ=255) ctcCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGc < 1:1625398/289‑1 (MQ=255) 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tatGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGt < 1:547142/289‑1 (MQ=255) tGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGt > 2:1702246/1‑287 (MQ=255) tGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTc > 1:17525/1‑288 (MQ=255) 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ggcAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATa > 2:688706/1‑289 (MQ=255) cAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt > 2:533206/1‑217 (MQ=255) cGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAcg > 2:3176398/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |