| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,463,850 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,463,850 | 0 | A | T | 99.5% | 892.2 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (181/191); minor base C (2/0); total (183/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,463,851 | 0 | G | C | 99.2% | 883.1 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (181/191); total (183/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,463,852 | 0 | C | G | 99.7% | 889.0 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (182/192); minor base T (1/0); total (183/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
AGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACAGCATGCTTGGCCGCAGCCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGA‑TTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGGCTGGTTTGTGGATTGGGTGATATCGCCCATGCGCAAAAAAGCGTGCCGCAAATGCTGGAAGATTTTAAACAACACCC > CP042583/1463569‑1464130 ||| gaagaaAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGAt > 1:1965211/1‑288 (MQ=255) gaaAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCg > 2:2520067/1‑288 (MQ=255) aaaGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGca < 1:1134932/289‑1 (MQ=255) cgcCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCg < 1:1205804/278‑1 (MQ=255) ccGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATAGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTa < 1:484284/289‑1 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTa < 1:355328/270‑1 (MQ=255) cAGATGTTCCGCAACGCGAATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACGGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:1049080/289‑1 (MQ=255) cAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTACTCGGCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGGGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:971581/289‑1 (MQ=255) cAGATGTTCCGCAACACGCATCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:371898/289‑1 (MQ=255) gtcccgaaaccggaaTCTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTGGATGGAACAAGCCGAGCGGGCGGGCGGGCAGTTCATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCacac < 2:428881/275‑1 (MQ=255) 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cTTATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGaa > 1:2539993/1‑278 (MQ=255) cTTATACCGTATGGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGACCAAGCCGAGCGGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGATGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 2:1925736/268‑1 (MQ=255) ttATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 1:1452842/289‑1 (MQ=255) ttATACCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:2138363/289‑1 (MQ=255) ataCCGTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATc > 2:152252/1‑288 (MQ=255) gTATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTGGGTGTTATAGAGGTTATTGGCCTCACACACGAACAGACCAAAGATCGCgttc > 2:603757/1‑288 (MQ=255) 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tATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGaa > 2:1908949/1‑269 (MQ=255) tATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGTTTATCCCAGGCGTTCGCGTCGACGCGCTGGTTCGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGAACCACGATCGCTTTaa > 1:703625/1‑289 (MQ=255) tATTGCGTAATCGTCTGGACCCGTGGTTGATGGAACAAGCCGAGCAGGCGGGCGCGCAGATTATCACAGGCGTTCGCGTAGAGGCGCTGGTTTGTGAAGGAAACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGAGCCGCATCATTACGCGGTTGGTGTTAAAGAGGTGATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTGTaa > 1:1776312/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |