Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,469,981 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,469,981 | 0 | A | T | 100.0% | 725.5 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,469,982 | 0 | G | C | 100.0% | 728.1 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (160/143); total (160/143) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,469,983 | 0 | C | G | 99.7% | 716.7 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (159/143); total (160/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GATGAAACTGGATCCAACGCCGATTGCTCATCGTACCCATGGCCTTAACCCTAATAATCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTAGCTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGAGCCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTGTTCGGCCTGACTATCGACCCGGAACGTCTGGCGGCGATTCGCGAGGAACGTCGGGAGAACAGTCGCTATGCCAGCCTTCGTCAGTGCAGGATGGAAGTCGCGGAAGTGGAAGCCTTGTACCGTAAAAATCAGATCCCGTGGATTAACAGTACCAATTATAGCGTAGAAGAGATTGCCACCAAGATCCTCGATATCATGGGCCTTAGTCGCCGAATGTACTAAAGAACTAGTGCATTAGCTTATTTTTTTGTTATC > CP042583/1469704‑1470262 ||| aTTGCTCATCGTACCCATGGCCTTAACCCTAATAATCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCACACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGATACCCGCGTCGCCCAAAACGCTCCAGCATAAATTGTTCgg > 2:1547283/1‑287 (MQ=255) ctCGTACCCCGTGGCTTAACCCCAATAATCTCAAAAAATCGGATGGCCGCACGGCGACGATTGATTACACCATCGCCCCCCATGACTGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCACGGTCCGGTGATCCTGCTCGTTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCCGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTTTTCGGCCTGACTAt < 2:3231604/288‑1 (MQ=255) tACCCATGGCCTTAACCCTAATAATCTGAATAAATATGATGCTGGCATGGCGGAGTTTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTGTTCGGCCTGACTATCGAc < 2:2868988/289‑1 (MQ=255) ggCCTTAACCCTAATAATCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTGTTCGGCCTGACTATCGACCCGGAAc > 1:2868988/1‑289 (MQ=255) aataatCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCt < 2:1645819/239‑1 (MQ=255) aataatCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCt > 1:1645819/1‑239 (MQ=255) aataatCTCAATAAATATGATGCGCGCATTGCGCCGATTGATTACACCCTCCCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCACGTGATCCTGCCCGGTGTTTCTCGCTGTGGT‑AAACCCGCACCCGTCTGTATCTGGCACTGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACCACCCCTTTATTGCTGACGATATGGGTAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAACTCGCCTCAGCCAAAATTGTTCAGCTTGACAAACGACCCGGAACgaccgcgagcgaa > 2:1360338/1‑277 (MQ=255) 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tcAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTGTTCGGCCTGACTATCGACCCGGAACGTCTGGCGGCGATTCGCGa > 1:2528514/1‑289 (MQ=255) cAATAAATATGATGCGCGCATTGCGGCGATTGATTACACCCTCGCCCACGATGACGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGTAAAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCt < 2:2484815/231‑1 (MQ=255) gggcccATTGCGGCGATTGATTACACCCCCGCCCACGATGCCGGCATTTCGTTGCGCAATCTGGACCAGGCTCAGGTGATCCTGCTCGGTGTTTCTCGCTGTGGT‑AAACCCCCACCAGTCTGTATCTGGCAATGCAGTTTGGTATCCGCGCGGCAAACTACCCCTTTATTGCCGACGATATGGATAATCTGGTGCTACCCGCGTCGCTCAAACCGCTTCAGCATAAATTGTTCGGCCTGACTATCGACCCGGAACGTCTGGCGGCGATTCGCGAGGAACGTCGGGAGaa < 2:1428038/284‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |