Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,473,570 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,473,570 | 0 | G | C | 100.0% | 774.5 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (158/167); total (158/167) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,571 | 0 | C | G | 100.0% | 775.4 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (158/167); total (158/167) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,572 | 0 | T | A | 99.7% | 778.2 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (157/167); minor base C (1/0); total (158/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
ACGGCAGGCCACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAA > CP042583/1473295‑1473850 ||| aCGGCAGGCCACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCGTGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATaaa < 2:266473/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |