| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 487,222 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 487,222 | 0 | A | T | 99.7% | 726.8 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (167/137); total (168/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 487,223 | 0 | G | C | 99.7% | 725.8 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (167/137); total (168/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 487,224 | 0 | C | G | 99.7% | 728.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (167/137); total (168/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGAGTGGAAGC‑TACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTT > CP042583/486955‑487490 ||| tGACCCATCGTCAGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCGGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCgggg < 2:2239739/289‑1 (MQ=255) tCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATCCGGATTTCTGGCTCGCAGTTCAGCAAGAGTTATTACCCCTGTGGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTTCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGGTTTGGTGGGCTTTCCGCGATGTATGCCGGATTGCAATGGACGGAACGCCTTGGCTGGTGCTTAAGCCAG‑GCGGGAGCGGCCTGGTGGCTGCCTCAGGGCGGgcat > 2:1652942/1‑288 (MQ=255) tgtTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGGGTTTCTTGaaaagagaaa > 1:427937/1‑284 (MQ=255) gtTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGaaaagctaaaa > 1:746492/1‑289 (MQ=255) 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ccGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGaa > 1:1301257/1‑288 (MQ=255) tAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCGgggcggg < 2:1851792/208‑1 (MQ=255) tGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCG‑TACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTAtt > 1:1173926/1‑289 (MQ=255) 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CP042583/486955‑487490 |
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |