Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,491,334 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,491,334 | 0 | A | T | 99.8% | 1006.4 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,491,335 | 0 | G | C | 100.0% | 989.8 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,491,336 | 0 | T | A | 99.8% | 1006.4 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (220/195); minor base C (0/1); total (220/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
TGTTTTCCTGCCGGGTATTCATAAATTTCAGCAAAGAAATCAATGTAGAGATCAATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCA > CP042583/1491058‑1491615 ||| tGTTTTCCTGCCGGGTATTCATAAATTTCAGCAAAGAAATCAATGTAGAGATCAATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTc > 1:2262743/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |