Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,492,636 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,492,636 | 0 | A | T | 100.0% | 914.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,492,637 | 0 | G | C | 99.7% | 901.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (187/191); total (187/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,492,638 | 0 | C | G | 99.7% | 896.5 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (187/190); total (187/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
CGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGAGCGTATGGATGCCCCATAGTTTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGAGTAGC‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCGTGGT > CP042583/1492356‑1492916 ||| cGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCTGCTGATGTGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATgg > 2:1184938/1‑289 (MQ=255) ccGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATg < 1:3086687/289‑1 (MQ=255) tCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTAccc < 1:1544579/289‑1 (MQ=255) cGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCg > 1:2889234/1‑289 (MQ=255) 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cGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggt < 2:494943/285‑2 (MQ=255) gttggcgcTGCTGGAAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCCTTCCGTCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGTGTTATTTGAGCCACATACTTGCAGATATGCTTACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggtcatcgcaa < 1:2122159/285‑10 (MQ=255) aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggtcatcgcaa < 2:810691/289‑10 (MQ=255) aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTggtcatcgcaa < 1:3261320/289‑10 (MQ=255) gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCAttcat < 1:3103698/245‑5 (MQ=255) gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAAt > 1:597924/1‑289 (MQ=255) 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ggCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTAGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCttatt < 2:1288131/288‑1 (MQ=255) gTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTgg < 2:2719515/235‑1 (MQ=255) gTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCa > 1:1005784/1‑288 (MQ=255) ttCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTTGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATc < 2:1089031/289‑1 (MQ=255) tCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATc < 1:2498245/288‑1 (MQ=255) ttCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGTTGGTCATCG‑CAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCa > 2:2961579/1‑268 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |