Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,493,440 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,493,440 | 0 | A | T | 99.8% | 1015.0 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,493,441 | 0 | G | C | 100.0% | 1016.2 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (215/208); total (215/208) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,493,442 | 0 | T | A | 99.5% | 1016.1 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (214/207); minor base C (1/1); total (215/208) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 423 total aligned reads displayed.
GCATAACGCATCTCAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGAGTATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTG‑ATTATGTTTGCAGTGCATG > CP042583/1493169‑1493719 ||| gagtctcCGTTAGGCAAAATCAGTTTGCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCCCGCTGATTGCGGCGCTGGTCTGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTg < 2:2323072/286‑1 (MQ=255) aTCTCAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGcc > 1:763279/1‑289 (MQ=255) tctcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCg < 2:2426459/289‑1 (MQ=255) ctcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGc > 1:1588695/1‑289 (MQ=255) tAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCt < 1:2205456/289‑1 (MQ=255) cAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCgg < 1:2624634/288‑1 (MQ=255) cAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGc > 1:2932766/1‑289 (MQ=255) tCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGAATTCCTCGGCgga > 1:1783485/1‑285 (MQ=255) ttttCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCa > 1:1148055/1‑289 (MQ=255) cTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGAACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGa > 1:2873767/1‑289 (MQ=255) gACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCgg < 2:160342/273‑1 (MQ=255) gACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGaaa < 1:129135/289‑1 (MQ=255) gACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGaaa < 1:1008623/289‑1 (MQ=255) ttGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGgatgat < 2:1218726/288‑1 (MQ=255) ttGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGgatgat > 1:1218726/1‑288 (MQ=255) ccACGCTGCTTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGaa < 1:1409832/289‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGCCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGACAGGTGAAc > 2:2079375/1‑289 (MQ=255) tGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTTTCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAAcgc > 1:840102/1‑289 (MQ=255) tGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAg > 1:3306501/1‑288 (MQ=255) 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tttggtttgACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATa > 2:1753007/1‑274 (MQ=255) ggCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTg < 1:270093/289‑1 (MQ=255) gTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTTTCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGcc < 2:840102/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |