| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,494,181 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,494,181 | 0 | A | T | 98.6% | 974.5 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,182 | 0 | G | C | 99.3% | 981.6 / ‑2.8 | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (204/208); minor base T (1/2); total (205/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,183 | 0 | C | G | 99.8% | 985.9 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (205/210); minor base A (0/1); total (205/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
ACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCAGCATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCACACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGTATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATACCCGAG > CP042583/1493902‑1494462 ||| ggTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGc > 1:2233417/1‑288 (MQ=255) ggaccGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCACGGCTGGCGTGGTGGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGc < 2:242068/284‑1 (MQ=255) aGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCAc > 1:1593847/1‑286 (MQ=255) cGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAcc > 1:560703/1‑289 (MQ=255) 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cTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccag > 1:332678/1‑288 (MQ=255) cTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccag > 2:530213/1‑288 (MQ=255) cgcCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGACTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGAccagcca < 2:288822/288‑1 (MQ=255) 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tGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATaa < 1:1980807/289‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 1:1017972/288‑1 (MQ=255) tGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACTGCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGCTGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 1:2427596/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |