Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,500,793 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,500,793 | 0 | A | T | 99.7% | 850.7 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,500,794 | 0 | C | G | 99.2% | 841.1 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (169/181); minor base T (0/3); total (169/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,500,795 | 0 | T | A | 100.0% | 852.9 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (169/184); total (169/184) |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACACTATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGACTTTTGGCACTCAACGCCACCATATTCTCCAGCGCGCTTTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAATGACGTAAACGGTTAATGACATAAAAAGTAACCATCTCAACAAACTCTTCCAGCCCTGTTTCGCGGAAATTCAAACTAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGGCTAGCGACAAAGCAATAAGGC > CP042583/1500519‑1501072 ||| cAACAGGACAGATATTGTAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGctgacaa < 2:604715/289‑7 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |