Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,502,953 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,502,953 | 0 | A | T | 99.7% | 810.1 / ‑5.1 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,502,954 | 0 | C | G | 99.7% | 801.1 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (172/161); minor base T (1/0); total (173/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,955 | 0 | T | A | 99.7% | 801.1 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (172/160); minor base G (0/1); total (173/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
GGTAAACATTTCTGCCACCACCAGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAAGCTCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACG > CP042583/1502674‑1503232 ||| aCATTTCTGCCACCACCAGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCg < 1:720916/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |