Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,503,328 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,503,328 | 0 | G | C | 100.0% | 692.0 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,503,329 | 0 | C | G | 100.0% | 686.1 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (157/132); total (157/132) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,503,330 | 0 | T | A | 99.7% | 687.7 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/132); minor base G (1/0); total (157/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGGCTGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACTTCATATTTTTCTGCCTGTGCGCGCATTTTACTTACCAGTAAAGAGGTAGACATGCCCGCAGAACAAAACAGATAAATGTGTTTCTTTTCCATAAAACTGCCCTCATCGACGATTATCTGTCAGCCAGACA > CP042583/1503049‑1503608 ||| ggTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCGAGTCAAtt > 2:1985757/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |