Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,497 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 489,497 | 0 | A | T | 100.0% | 636.9 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (131/135); total (131/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 489,498 | 0 | G | C | 99.6% | 630.9 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/134); minor base A (0/1); total (131/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,499 | 0 | T | A | 98.9% | 628.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/134); minor base C (3/0); total (131/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGT‑GTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAAT > CP042583/489224‑489776 ||| ggcgTTAAAGCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCGTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATcaca < 2:396513/289‑1 (MQ=255) ggcgTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATcaca < 1:491344/289‑1 (MQ=255) ggcgTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATcac < 1:618460/288‑1 (MQ=255) ttAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGc < 2:550198/289‑1 (MQ=255) aaaCCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCtt < 2:3255267/289‑1 (MQ=255) ccAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTtata < 1:2897415/289‑1 (MQ=255) ggggACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCg < 2:880262/270‑1 (MQ=255) ggggACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATatca > 1:3317134/1‑289 (MQ=255) ggggACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGAGGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACAACCCCGGGCAGTCAGCCGCTGCAACTTTCCCCACCGCATCACCCGGCTtacacc > 2:1740943/1‑284 (MQ=255) aGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACCCCTCATGGCAGTGCGCCCCTGCAACTTTCCCACCCGCATCACCCGGCGTATATCATCttt > 2:964478/1‑288 (MQ=255) cGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGCAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGAACAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGc < 1:2770313/263‑1 (MQ=255) gTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTAcc < 1:270746/288‑1 (MQ=255) ggCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACctc > 2:304672/1‑288 (MQ=255) 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cATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTa < 2:1709951/273‑1 (MQ=255) cATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACgg < 1:937566/289‑1 (MQ=255) aTGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCTGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACgg > 2:373119/1‑288 (MQ=255) 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GGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGT‑GTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAAT > CP042583/489224‑489776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |