| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,513,137 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,513,137 | 0 | G | C | 99.8% | 1077.3 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,513,138 | 0 | C | G | 99.6% | 1066.2 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (231/214); total (232/217) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,513,139 | 0 | T | A | 99.8% | 1070.1 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (230/216); total (232/217) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 449 total aligned reads displayed.
ACATTGAGCGCAGGCGCAAAACGCACCACGTTGCCACCCGCAATCAGTACCATCACGCCTGCTTTCGCCGCTTCCTGAGAGATCTGTTTCGCTTGCCCGGCGTAATCGGCATTCAGTACACAGCCAATCAGCAAACCTAAGCCGCGAACTTCACTGAACAAACCATAGCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCGCTGGCCAGCGGATTACCGCCATAGGTGGTGCCATGAGTGCCAACGGTCATCACGCGGGCGCACTCTTCGGTTGCCAACAACGCACCGACCGGGAAACCGCCGCCCAGCGCTTTGGCGGTAGTTAACAGATCAGGCGTCACGCCGTAGTGCATATAGGCATACAGTTCCCCGGTGCGCCCGACGCC‑GGTTTGTACTTCATCAAAAATCAACAGCGCATTGTGGCGGTTACACAATTCACGCAGACCTTGTAAAAACGCGTTGCTGGCTGGCACCACACCGCCTT > CP042583/1512862‑1513420 ||| accttagccgcAGGCGCAAACCGCACCACGTTGCCACCCGCAATCAGTACCATCACGCCTGCTTTCGCCGCTTCCTGAGAGATCTTTTTCGCTTGCCCGGCGTAATCGGCATTCAGTACACAGCCAATCAGCAAACCTAAGCCGCGAACTTCACTGAACAAACCATAGCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGAt < 2:2291014/281‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |