Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,830 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 489,830 | 0 | A | T | 99.4% | 812.1 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (155/186); minor base C (2/0); total (157/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,831 | 0 | G | C | 99.7% | 803.1 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (155/186); total (157/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,832 | 0 | C | G | 98.8% | 794.9 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (153/186); total (157/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
AAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCG > CP042583/489554‑490111 ||| aaaGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTTTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCCCCCTGAcgccg > 2:661912/1‑288 (MQ=255) tAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCg < 1:661912/288‑1 (MQ=255) tAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCg < 1:2799538/288‑1 (MQ=255) gggCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGATTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCCTAACCACCAACCACCTTGCGCAGTCTATGCGGGCAGCCTTTGTTG‑CCTCGCTGACGGCCCAAACCGCCCGCCaga > 2:28857/1‑289 (MQ=255) ggCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTATGGCCGTTTATCGCAGGGGCATAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTCCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGTCTTGGTGGCCCCGCCTG‑CTCCGCACAGCGCCCGCCAGGTTTG‑cgcg > 2:1584822/1‑289 (MQ=255) ccGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGTTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAg < 1:915520/289‑1 (MQ=255) ccGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCACAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAg < 2:2202004/289‑1 (MQ=255) ccTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGtt > 1:1122018/1‑289 (MQ=255) ccTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACCCCGCCAACCGCTCGCCAGAGTTT‑CGCGACGTTGAAACAGGtt > 2:1541009/1‑289 (MQ=255) gCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGttt > 1:987928/1‑287 (MQ=255) tGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTa < 1:1391472/289‑1 (MQ=255) ttATCCGCTTACAGGCGAGGATGTGGTTGCGCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTGGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTa < 2:1891311/289‑1 (MQ=255) tCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAGCTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAg < 2:3094559/262‑1 (MQ=255) cGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGCTGCTGGCCGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCCCAAACCCCTCGCCACAGTTC‑CGCCACGTTGAAACACGTCTTCCGTACTGGTGAGGCCTTCCCgg > 2:500615/1‑288 (MQ=255) cTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTTCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTT‑CCTCGCTGACGCCGCAACCCGCCCGCCAGAGTTC‑CGCGACGTTGAAACGGGTTTTCGGTGGTTGTGAGGACGTACCGGCt > 2:3127941/1‑288 (MQ=255) cTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAGACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAgtggtg > 1:154157/1‑274 (MQ=255) 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aGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCcgc > 1:3132392/1‑289 (MQ=255) gTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGc < 1:223140/289‑1 (MQ=255) gTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCG‑CACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTG‑CCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTG‑CGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGc < 2:744227/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |