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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 490,456 | 0 | C | G | 98.5% | 610.4 / ‑5.4 | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (121/139); total (125/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGA‑CGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGAGCCAAAGCGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCA‑AAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATT‑CAGCAGCT‑TGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTT > CP042583/490197‑490729 ||| ttGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGA‑CGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAgcgc < 1:992152/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |