Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,517,668 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,517,668 | 0 | A | T | 99.2% | 834.1 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (180/169); minor base G (0/3); total (180/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,669 | 0 | G | C | 98.9% | 808.3 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base C (179/167); total (180/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,670 | 0 | C | G | 99.4% | 822.7 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (179/170); total (180/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
CAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGC‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCG > CP042583/1517391‑1517945 ||| aagcTATTTTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑Atgtttgt < 2:1742971/285‑1 (MQ=255) ttATTGTTTTATCGTGGGCGGGCAGCCTGTTAACAGGGGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTtggc < 2:1068803/288‑1 (MQ=255) tttCCTGGGTGGGCCGTATGTTATCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCTCCGGACTGTTTATTCTGTTGGCCATGACCATGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAg < 2:143202/288‑1 (MQ=255) tCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAgc > 1:545037/1‑288 (MQ=255) 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aCTGTTTATTGTGTTTGCCCTGACCTGGGTGAGTTTTATGGCGAAGAAAAAATGGCTTGAACGCCGGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCa < 2:54594/289‑1 (MQ=255) cTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCa < 1:3047145/288‑1 (MQ=255) tttATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGATCGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGTCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTgc < 1:1871563/289‑1 (MQ=255) tttATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGctggctgg < 2:1656516/231‑1 (MQ=255) tttATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGGGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCCCAAAGGCTCACCGCTCGCTCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCCCGCAttcc > 2:1986190/1‑287 (MQ=255) ttCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCaa < 1:2067316/289‑1 (MQ=255) ttCTGTGTGTCATGTGCGTGGGGATTTTTATGTCGACGCAAAGATGGCTTGAAGGCCGGAATAGGAATGGCTTGTTGGTTTACCGCCGGTTCGCAGAATTCCTTTAGTTATGCGTCCGCCGGTGTGGCTGGATGGTCGACATTACGGCGGGGTGCTATCCCGCAGTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAGCGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACTATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCaa < 2:3257603/289‑1 (MQ=255) gTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgt > 1:63398/1‑289 (MQ=255) ttGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCaa < 2:2082003/228‑1 (MQ=255) 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gtgATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTCAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCCCCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCTCCCGCATTGCGACAATGGTCCTGGGTTAGTTTtg > 2:1924140/1‑289 (MQ=255) gATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTtgtg < 1:2138078/289‑1 (MQ=255) tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGctcaccgct > 1:1136657/1‑214 (MQ=255) tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGctcaccgct < 2:1136657/222‑9 (MQ=255) ttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGat < 1:399903/289‑1 (MQ=255) aTGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGatat < 2:2801786/289‑1 (MQ=255) cGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCAc < 2:847694/288‑1 (MQ=255) agaaAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGt < 1:1710321/289‑1 (MQ=255) aaTATAGATTGAACGCCAGCAGGAGAATGCATGCTGGGTTTACCGACGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGTTGCTAATCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCG‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCTCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGa < 2:3065143/289‑1 (MQ=255) 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CAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGC‑ATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCG > CP042583/1517391‑1517945 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |