Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,519,839 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,519,839 | 0 | A | T | 100.0% | 727.0 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (160/145); total (160/145) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,519,840 | 0 | G | C | 100.0% | 728.1 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (160/145); total (160/145) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,519,841 | 0 | C | G | 99.3% | 729.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/145); minor base T (2/0); total (160/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACC > CP042583/1519563‑1520111 ||| ttGCGGGCGGAGGGCTGGTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgt < 2:2676689/289‑1 (MQ=255) tGCTGACGGCGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGACCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCCTTGTGCTGGATTCGCTGTGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCTCTCCGTCGCGCCTCCGCTGGCAATGGCAATGCTGGCGATTGTTGTCTTGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 2:2138787/1‑289 (MQ=255) gggCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAattat > 1:523426/1‑287 (MQ=255) gctgctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATtct < 1:1429595/288‑1 (MQ=255) tgctTTTTGCCTATTTCCCGGATTTCACGCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCgg < 2:3175918/289‑1 (MQ=255) aTGACTATTTGCCGTAGTTCACTCCGCCAATGGCCCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCGACCTTGCAGTGAAAGAAAGCTCATTTCTGCTGTGGATCTTAGGAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTGGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAgg < 2:3139824/289‑1 (MQ=255) tGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATtct > 1:791065/1‑279 (MQ=255) 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aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 1:1961904/1‑288 (MQ=255) tCACGCCGCGAATGGTCCGAGTTGGGATCGGTGTGGGCCTCGCACTGGCAGTGAAAGAAAGGGCTTTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCGGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCGGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGc < 2:3008046/289‑1 (MQ=255) cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAAt > 1:2650064/1‑289 (MQ=255) ccAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATtct > 1:394638/1‑254 (MQ=255) ccGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCCCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAg > 2:2570552/1‑289 (MQ=255) tttGGCATCGGCTTGGGCCTCACCCTTGAAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCGGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 2:523426/289‑1 (MQ=255) tttGGAATTGTTCTGGGCCTCACCCGTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGTTCTTGGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGAAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 2:3312339/289‑1 (MQ=255) gTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGTTGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCCGTGGTTAACCCCggc > 2:3221800/1‑288 (MQ=255) gTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAgg > 1:3232195/1‑288 (MQ=255) cACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 1:1096281/269‑1 (MQ=255) cACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt > 2:1096281/1‑269 (MQ=255) aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 2:2500462/263‑1 (MQ=255) 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aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg > 2:356591/1‑289 (MQ=255) cgcATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGcc < 1:2218153/207‑1 (MQ=255) cgcATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAggg < 1:758620/258‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |