| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,520,154 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,520,154 | 0 | A | T | 99.4% | 798.7 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (166/169); minor base C (1/1); total (167/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,155 | 0 | G | C | 99.4% | 783.4 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (167/168); minor base A (0/2); total (167/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,156 | 0 | C | G | 99.4% | 800.8 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (165/171); minor base T (1/1); total (167/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGAGCACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAG > CP042583/1519878‑1520432 ||| gACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGaa > 2:741952/1‑289 (MQ=255) cGCTGGGCGTAATTAGGGGGCATGGGTTAAGCCAGGGCGACATTGACACACAAACAAAAGGCGCGCTTTCCAGCGTGGTGTTGATGGTGGTGCTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTGCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTGTTTTGCCCTTGACCGGGGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAg < 2:3099366/288‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAg < 1:1217302/288‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAg < 1:2138787/288‑1 (MQ=255) gCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAg > 2:1558534/1‑286 (MQ=255) cTGGCAGTGATTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCt < 1:1875305/288‑1 (MQ=255) gCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCt > 2:594979/1‑273 (MQ=255) gCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCt < 1:594979/273‑1 (MQ=255) aGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCt > 2:2054282/1‑271 (MQ=255) aGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCaa < 1:3285297/277‑1 (MQ=255) gTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATgggg > 2:961969/1‑289 (MQ=255) ttAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATgggg < 1:454805/288‑1 (MQ=255) ccccAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCGTTTGATGCTTTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTACGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCtgg < 1:3083937/288‑1 (MQ=255) aGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTTCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTTGCGATCCCCGCGGGTCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCAGCAATATCCTGACAAtcgtttcttataa > 2:703500/1‑277 (MQ=255) ggCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCACGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTGTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCg > 1:1109149/1‑288 (MQ=255) cATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCGGTGTGCTGTGTGTGGTTCTGCTGGCGATCCTCGCGGATCAGTCGACGATCAATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTc > 1:296824/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |