| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,520,478 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,520,478 | 0 | A | T | 99.5% | 964.8 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,479 | 0 | G | C | 99.5% | 954.4 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (191/209); total (193/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,520,480 | 0 | C | G | 99.5% | 957.8 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (191/210); total (193/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
TGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGC‑AAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGA > CP042583/1520200‑1520759 ||| catttctCGGTTTGCTTCGGTTAGTGCGGTGGCTGTCATGGGGGCCACGGCGTCGCCCGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGC‑AAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAAtcttct < 2:696848/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |