Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,552,906 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,906 | 0 | A | T | 100.0% | 757.7 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,552,907 | 0 | G | C | 99.7% | 754.5 / ‑5.5 | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/137); minor base A (1/0); total (175/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,908 | 0 | C | G | 100.0% | 744.6 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (175/137); total (175/137) |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCA‑TTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGAGCAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCAGCCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCCTTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTATAACGCTGACTATTCTTTGTATGTCGTCGATTACTGTCCGGACAACCATACTGCGACCTGGGGAATCAACTATACAAAAATATTGGTTTGTCTGTGG > CP042583/1552648‑1553187 ||| ttttGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCA‑TTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTc > 2:2862784/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |