Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 492,802 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 492,802 | 0 | A | T | 99.8% | 1027.4 / NA | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 492,803 | 0 | G | C | 99.8% | 1023.9 / NA | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (203/224); minor base A (1/0); total (204/224) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 492,804 | 0 | T | A | 99.8% | 1026.5 / NA | 428 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (203/223); minor base G (0/1); total (204/224) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
GCAAACATTCAGCGCCTCAATTATAGTCTCGACATTGCCAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGAGTTTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTACTAGGTG‑CCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTC > CP042583/492523‑493083 ||| gCAAACATTCAGCGCCTCAATTATTCACTCGACATTGCCAACGCGGCAGGAATTAAAAAGCCCGTTTACAGTAATGGTCAGGCCGTTAAAGATGACCCCGATTTTTCTATTTCTCTCGGTGCAGACGGTATTGAACGCAAACTGGAAATAGAAAAAGCGGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAg < 1:2986277/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |