Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,564,874 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,564,874 | 0 | A | T | 99.8% | 964.9 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,564,875 | 0 | G | C | 99.8% | 956.4 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (212/186); minor base A (1/0); total (213/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,564,876 | 0 | C | G | 100.0% | 961.7 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (213/186); total (213/186) |
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
GGCGATGGTAGTTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCAGTTACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGC > CP042583/1564598‑1565155 ||| gatggttcatttACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGt < 1:143764/279‑1 (MQ=255) 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cTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGc > 1:312152/1‑289 (MQ=255) cTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGc > 2:2749616/1‑289 (MQ=255) cTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGc > 1:1521698/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |