Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,567,719 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,567,719 | 0 | G | C | 99.6% | 537.9 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/120); total (107/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,567,720 | 0 | C | G | 99.6% | 530.2 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (105/120); total (107/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,567,721 | 0 | T | A | 99.1% | 539.7 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (106/120); minor base C (1/1); total (107/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAATTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGGC‑TTGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGGCTCTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGTCCATCAGGTTAAGCATCGGCTGCGGTAAGGCATCTTCCGGCAATGTCTGCGCTTTTTCCACCAGCGCTAGCAGCGTTTTACCGTGAAAGCGGATTTCGCTACCGGATAAACCCAGGCTGTCCAGTTCGCCTAAACTTCCCGGCATATAACGCGCTACGCTCCACAAATGCTCTTCACGCACGACAAAGTTCACCGCCAGATCGCGCTCTCGCGCCTTGCGCAGTCGCCAGTCGGCTAA > CP042583/1567441‑1567997 ||| gCGAAGGGTACACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCG‑ATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATc < 1:2067240/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |